Político-Jurídico
El programa político-jurídico trabaja en los temas de la Defensa y Promoción de los Derechos Laborales de los trabajadores dependientes del sistema finca y la Defensa y Promoción de los Derechos de los Pueblos Indígenas, orientando a la defensa y promoción del territorio y los recursos naturales.
Desarrollo Sostenible
El programa de desarrollo sostenible es la encargada de promover la producción agrícola y pecuaria, con enfoque agro-ecológico que garantice la seguridad y soberanidad alimentaria como primer objetivo y posibilidad de comercializar excedentes como segundo objetivo. Desde esta área el M.T.C. ha promovido experiencias de desarrollo adicionales, como por ejemplo el desarrollo de tiendas comunales, créditos a campesinos para el arrendamiento de tierras y la producción agro-ecológica, apoyo en la adquisición de tierras e incluso la industrialización con la fabricación de blocks para construcción.
Sostenibilidad Institucional
Este programa se orienta a las asociaciones locales, regionales y departamentales y al conjunto institucional. Se constituye con tres áreas con las cuales se busca aportar a los otros dos programas. Los áreas son: área de servicios (secretaria, administración y contabilidad), área de formación y área de sostenibilidad. La sostenibilidad es comprendida por el MTC en tres dimensiones: humana, económica/ financiera y política cultural/ espiritual.